现存经史子集四部图书中，属于子部医家类的《证类本草》文献结构最为复杂，为了便于读者使用本书，按照不同文献来源，将其分解剖析。
今天最常使用的《证类本草》版本是公元1249年张存惠晦明轩重刻本，书名为《重修政和经史证类备用本草》，藏国家图书馆；这一版本先后由人民卫生出版社与中医古籍出版社分别于1957年、2010年影印出版。1993年华夏出版社尚志钧先生点校本即以此为底本；此本也是本书《证类本草笺释》的底本。
晦明轩本其实是《证类本草》与《本草衍义》的合并本，将后一本书嵌入到前一本书中。晦明轩本每卷卷端题名下皆有“己酉新增衍义”双行小字。
《本草衍义》，寇宗奭撰，全书20卷，序例3卷，各论17卷，其各论部分乃是针对《嘉祐本草》和《本草图经》而来，完全依照《嘉祐本草》药物顺序排列，但“内有名未用及意义已尽者，更不编入”，即旧本草“有名未用”涉及的药物，《本草图经》新增的“本经外草类”“本经外木蔓类”，皆不予讨论；《嘉祐本草》《本草图经》意思已经完备的条目，不再赘言。
《本草衍义》的三卷序例，被插入在《证类本草》卷一卷末题名之后，卷二之前，标题为“新添本草衍义序”，然后依次是“序例上”“序例中”“序例下”，对应原书前三卷。但晦明轩本的目录，则将“衍义序例”归属在卷一之内。
各论17卷按照药物条目插入在《证类本草》相关药物之末，用大字“衍义曰”引起，具体内容则为双行小字。因为《本草衍义》的药名条目同于《嘉祐本草》，故与《证类本草》可以完全对接。今与《本草衍义》单行本对勘，条目没有遗落，字句基本没有错讹。
北宋末，蜀中医家唐慎微以《嘉祐本草》为基础，并将《本草图经》的全部内容，按照药物条目拼缀，条目后附录从其他本草、医方、经史杂书中摘抄的相关内容，编辑成《经史证类备急本草》，简称《证类本草》。
《证类本草》30卷，其中序例2卷，各论28卷。《证类本草》的序例，乃是囊括《嘉祐本草》的序例，加上《本草图经》的序而成；各论药物则以《嘉祐本草》为主，并入《本草图经》的内容；新添附的药物，则附录每卷之末。《嘉祐本草》20卷，《证类本草》因为篇幅扩大，拓展成30卷。
由苏颂主持编写的《本草图经》乃是与《嘉祐本草》配套的药物图例及说明文字，全书20卷，卷帙安排不详。此书没有序例，篇首为苏颂所撰序言，《证类本草》将之安排在卷一《嘉祐本草》序言之后。
《本草图经》虽然是《嘉祐本草》的姊妹篇，但两书的药物条目并非一一对应，《证类本草》有如下处理原则：
两书相同的条目，药图放在《嘉祐本草》正文之前，文字说明则编排在《嘉祐本草》正文之后，用大字“图经曰”引起，内容刻作双行小字。
《本草图经》有时候会在一个药物条目下提到其他药物的情况，如果这些被涉及的药物在《本草图经》没有单独条目的话，《证类本草》会在相关药物《嘉祐本草》正文之末标“图经：文在某某之下” 字样。
《本草图经》还收录若干不见于《嘉祐本草》的药物，作为“图经外草类”和“图经外木蔓类”放在最末两卷，《证类本草》将这两卷合在卷三十，置于《嘉祐本草》“有名未用”之前。
《嘉祐本草》与《本草图经》缀合，构成《证类本草》的主体结构，至于作者唐慎微增补的内容，又有两类。第一类，绝大多数药物条目后附录有唐慎微收集的医方、本草、经史杂书中与本条药物有关的资料，接在《本草图经》文字之后，其前用唐慎微称为“墨盖子”的“【”符号引起。每种文献之书名或标题用大字，引文为双行小字。
第二类是增补药物，又有两种情况。一种是唐慎微新增加的药物，全书8种，即灵砂（卷四）、井底砂（卷五）、降真香（卷十二）、人髭（卷十五）、猕猴（卷十八）、蝉花、缘桑螺（卷二十一）、醍醐菜（卷二十八）。一种是前代本草遗余的药物添附在相关各卷之末，计有“陈藏器余”488条、“唐本余”7条、“海药余”16条、“食疗余”8条、“图经余”5条。
唐慎微编撰的《证类本草》即由如上三部分（《嘉祐本草》、《本草图经》、唐慎微新增内容）构成。在《证类本草》正式刻板以前，大观二年（1108）集贤学士孙觌得到此书，颇以为善，而感叹“其书不传，世罕言焉”，因请艾晟校订，“募工镂版，以广其传”。艾晟乃以陈承所撰《重广补注神农本草并图经》作为参校，并将陈承的意见共44条冠以“别说”二字，补入《证类本草》相应药物条后。在丹砂条艾晟有按语说：“（鼎）［晟］近得武林陈承编次《本草图经》本参对，陈于图经外，又以别说附着于后，其言皆可稽据不妄，因增入之。”艾晟刻本也将元祐七年（1092）林希为陈承所作的序言收入。
艾晟刻本是现存《证类本草》所有版本的“祖本”，需将艾晟所添“别说”内容剔除，才是唐慎微所著《证类本草》的原貌。
嘉祐二年（1057）集贤院成立校正医书局，奉诏校修本草，由掌禹锡主持其事，五年书成，宋仁宗赐名《嘉祐补注神农本草》，简称《嘉祐本草》。
《嘉祐本草》的主体部分是《开宝重定本草》，条文内有所增补，皆用“臣禹锡等谨按”引起，眉目清晰。其新增药物条目，其后皆有“新定”“新补”“新分条”字样。
尤其可贵的是，《嘉祐本草》以《开宝重定本草》为蓝本进行补充，其凡例说：“凡名本草者非一家，今以开宝重定本为正。其分布卷类、经注杂糅、间以朱墨，并从旧例，不复厘改。”比如“地菘”是《开宝重定本草》新增药物，《嘉祐本草》认为地菘即是天名精，既然已有天名精，则不当另出地菘。但《嘉祐本草》并没有将地菘条删削，而是用按语的形式阐明理由，其中专门提到：“今补注立例，无所刊削，故且存而注之。”因此，《嘉祐本草》的后面隐藏着比较完整的《开宝重定本草》。
《嘉祐本草》原书失传，主体部分保留在《证类本草》中。需要注意的是，《证类本草》不仅将《嘉祐本草》的20卷析分为30卷，还打乱了每卷内药物次序，所幸《本草衍义》根据《嘉祐本草》创作，故通过《本草衍义》的药物顺序，尚能基本复原《嘉祐本草》的目录。
《（嘉祐本草）补注所引书传》提到两种“开宝本草”，一本是《开宝新详定本草》：“开宝六年，诏尚药奉御刘翰、道士马志、翰林医官翟煦、张素、王从蕴、吴复圭、王光祜、陈昭遇、安自良等九人，详校诸本，仍取陈藏器《拾遗》诸书相参，颇有刊正别名及增益品目，马志为之注解。仍命左司员外郎知制诰扈蒙、翰林学士卢多逊等刊定，凡二十卷，御制序，镂板于国子监。”一本是《开宝重定本草》：“开宝七年，诏以新定本草所释药类或有未允，又命刘翰、马志等重详定，颇有增损，仍命翰林学士李昉、知制诰王祜、扈蒙等重看详。凡神农所说，以白字别之；名医所传，即以墨字。并目录，共二十一卷。”

保存在《证类本草》中的《嘉祐本草》引用书目

按此说法，宋太宗开宝年间曾经两度修订本草，开宝六年（973）先成《开宝新详定本草》，此本得到宋太宗的首肯，并御制序言，正式雕版印刷。书成以后不久，忽然嫌其注释未详，重为修订，次年编成《开宝重定本草》以取代前书。检《续资治通鉴长编》，仅在开宝六年四月戊申（二十五日）条下云：“知制诰王祜等上《重定神农本草》二十卷，上制序，摹印以颁天下。”开宝七年下未见有修本草事。毕竟《续资治通鉴长编》于南宋撰著，可信度不及掌禹锡、苏颂的记录，故当以《补注所引书传》的说法为准。
前一本《开宝新详定本草》的具体情况不详，《开宝重定本草》则是以唐代《新修本草》为蓝本增补修订而成。在《嘉祐本草》中，《开宝重定本草》新增药物标注为“今附”，所补注的文字则由“今详”“今按”引起，这些标记通过《证类本草》保留下来。
显庆二年（657），右监门府长史苏敬上言，“陶弘景所撰本草，事多舛谬，请加删补”，唐高宗准奏，组织人马编写，由英国公李绩领衔，显庆四年撰成《新修本草》，全书54卷，其中本草正文20卷，目录1卷；药图25卷，目录1卷；图经7卷。
《新修本草》之本草正文部分，乃以陶弘景《本草经集注》为蓝本“增损旧文”而成。新增药物114种，有鉴于“陶弘景偏居江南，不周晓药石，往往纰缪”，逐一考证之。
尽管《新修本草》对《本草经集注》药物三品位置有所调整，次序有所改易，但《本草经集注》的主体内容仍完整地保留下来，《新修本草》新增的按语皆用“谨按”引起。后来《开宝本草》刻印时，陶弘景注释部分被冠以“陶隐居云”，将《新修本草》的“谨按”改为“唐本注云”。
《新修本草》之本草正文部分今天仅残存约11卷，取与保存在《证类本草》中的内容对勘，仍有高度的一致性，可见经过两本《开宝本草》，转入《嘉祐本草》，再编入《证类本草》，其主体信息损失不多。
《本草经》流传至齐梁时代，版本繁多，内容芜杂，据陶弘景说：“魏晋已来，吴普、李当之等更复损益，或五百九十五，或四百四十一，或三百一十九，或三品混糅，冷热舛错，草石不分，虫兽无辨。且所主疗，互有多少。”不仅如此，“本草之书，历代久远，既靡师授，又无注训，传写之人，遗误相系，字义残阙，莫之是正”。针对以上情况，陶弘景乃“苞综诸经，研括烦省，以《神农本经》三品，合三百六十五为主，又进名医副品，亦三百六十五，合七百三十种。精麤皆取，无复遗落，分别科条，区畛物类，兼注詺时用，土地所出，及仙经道术所须”，撰成《本草经集注》七卷。
此书在文献学上颇有特色。所谓“集注”，集诸家注解于一书的意思。颜师古《汉书序例》说：“《汉书》旧无注解，唯服虔、应劭等各为音义，自别施行。至典午中朝，爰有晋灼，集为一部，凡四十卷，又颇以意增益，时辩前人当否，号曰《汉书集注》。”这大约是“集注”体例的滥觞，但《汉书集注》早已失传，陶弘景的《本草经集注》则是此类著作存世年代最早者。
《本草经集注》由三部分构成：《本草经》原文使用朱书大字，魏晋以来名医们增补的内容为墨书大字，陶弘景把自己的意见称为“子注”，为墨书小字。其中墨书大字部分被称为“别录”，《新唐书·于志宁传》解释说：“《别录》者，魏晋以来吴普、李当之所记，言其花叶形色，佐使相须，附经为说，故弘景合而录之。”1935年吐鲁番出土朱墨分书的《集注》残片，其中燕屎、天鼠屎两条相对完整。以天鼠屎为例，红笔所书《本草经》文：“天鼠屎，味辛，寒。主治面痈肿，皮肤诜诜时痛，腹中血气；破寒热积聚，除惊悸。一名鼠沽，一名石肝。生合浦山谷。”皆连贯可读。而墨书大字“有毒；去面黑皯；十月、十二月取”，穿插在朱书大字中，不能独立成篇，此即“附经为说”的实物标本。
陶弘景开创的朱墨分书体例被《新修本草》继承；《开宝本草》改为雕版印刷，乃将朱书改为阴刻白字，墨书改为阳刻黑字，其他内容作双行小字，仍使不同来源的材料条缕分明；所有文献最终汇入唐慎微所编《证类本草》。前代著作亡佚殆尽，硕果仅存的《证类本草》遂成为宋以前本草文献集大成之作。
如上所论，《证类本草》中的本草文献乃是以“滚雪球”的方式层迭累加，使用其中的文献，建议遵循以下原则。
唐慎微所撰《证类本草》并不包括《本草衍义》在内，所以，尽管晦明轩本《证类本草》将《本草衍义》收编其中，但今天引用“衍义曰”标目下的内容，出处仍称《本草衍义》为好。同样的，陈承所撰《重广补注神农本草并图经》是艾晟所加，引用时可称“陈承别说”，也可径称书名《重广补注神农本草并图经》，但不宜视为唐慎微《证类本草》的内容。
《本草图经》早佚，其文字部分保存在《证类本草》“图经曰”下，药图也完整地收入《证类本草》。今天引用“图经曰”标目下的内容，出处可以称《本草图经》，也可以称“《证类本草》引《本草图经》”。
《嘉祐本草》早佚，《证类本草》几乎囊括《嘉祐本草》全书，理论上讲，《证类本草》中除了墨盖子下和“图经曰”之下的内容，以及后人添附的《本草衍义》、陈承别说以外的所有文字，都属于《嘉祐本草》。但《嘉祐本草》也是“滚雪球”结构，所以通常只把标有“臣禹锡等谨按”的补充文字算作《嘉祐本草》加以引用，其余部分各自属于上级文献。《开宝本草》《新修本草》《本草经集注》也应该如此处理，即只把标明“今注（按）”“唐本注”“陶隐居”的内容算作原书，其余部分各自属于上级文献。
《神农本草经》的主体部分保存在《证类本草》中，习惯称呼是“《证类》白字”，可据此引用，也可以据各种辑本引用。因为各家辑本的思路不太一致，引用时要注明文献来源。

本草之祖《神农本草经》研究史上的

里程碑式著作

《证类本草》，全称《经史证类备急本草》，三十卷，以《嘉祐本草》为框架，将《本草图经》的内容，按条目逐一缀合到每一药物之下。具体而言，卷一、二为“序例”，收载了前代重要本草的序文和总论；卷三至二十九为各论，将药物分为玉石、草、木、人、兽、禽、虫、果、米谷、菜等十部，有些部又分上、中、下三品；卷三十为“本经外草类”。全书收药1749种，附图近千幅，每药首列药图，次为《嘉祐本草》文，再次为《本草图经》文，最后为增补内容，冠以墨盖子以示区别，主要为“雷公曰”、附方等，记载了药物性能功效、应用方法、药物来源、栽培训养、药材鉴别、泡炙制剂等方面的知识。本书具有很高的学术价值和实用价值。
此次整理，以中医古籍出版社影印晦明轩本为底本，以嘉定四年刘甲校刊《经史证类备急大观本草》、光绪三十年柯逢时影宋重刊《经史证类大观本草》为校本，除断句、标点、校勘外，还于每篇正文之下，以“笺释”形式，从文献学和中医药学角度，对一些重要的学术问题或疑难问题加以阐释。书后附有药名笔画索引和音序索引。
唐慎微（约11—12世纪间），字审元，原籍蜀州晋阳（今四川崇庆），出身于医学世家，北宋著名药学家，代表作有《证类本草》等。
王家葵，斋号玉吅，四川成都人，医学博士，现为成都中医药大学药学院教授，在药理学、本草学、道教、书法等方面都有突出成绩。专著有《神农本草经研究》《陶弘景丛考》《救荒本草校释与研究》《本草文献十八讲》等，古籍整理有《登真隐诀辑校》《养性延命录校注》《真灵位业图校理》《神农本草经笺注》等。
蒋淼，成都中医药大学药学院临床中药教研室主任，中药学硕士，主要从事中药基础理论与应用、中药文献学方面的教学与科研工作。参与编撰中药学相关论著及教材11部，主持省部级及校级课题4项。
《证类本草》以《嘉祐本草》和《本草图经》为基础而作，《本草图经》无可分割，《嘉祐本草》以《开宝重定本草》为蓝本补充而成，《开宝重定本草》是《新修本草》的修订本，《新修本草》又是《本草经集注》的增订本，《本草经集注》的核心就是《神农本草经》。所以，《证类本草》的结构就像一个“俄罗斯套娃”。
《证类本草》是现存历史地位仅次于《本草纲目》的重要本草文献，在创新医学理念，尤其是保存医学文献方面，作用非常大，就像李时珍评价的那样，“使诸家本草及各药单方垂之千古，不致沦没，皆其功也”。