辛亥革命之后，北京政党有进步党、共和党等。共和党黎元洪是理事长，章太炎先生是副理事长，民国三年春天，他抱着“不入虎穴，焉得虎子”的决心，到北京来主持共和党党务。住化石桥共和党本部。他在上海写文章反对袁世凯，共和党内有郑、胡二人得袁世凯巨款，提议要太炎来京主持党务，实际是为便于控制他。后来共和党虽然发现郑、胡二人阴谋，登报开除其党籍，但太炎已被监视。监视的人都是袁世凯命令陆军执法处长陆建章派的宪兵，共四名，说是保护，实则监视，虽然一次被太炎发现，操杖赶跑，但这些后来换了便衣，依旧来监视。太炎穷愁抑郁，使酒谩骂，毫无办法。本来经黎元洪与袁世凯商量，想年拨经费十五万，组织一文化机关。而太炎先生开列预算非七十五万不行，最后谈判决裂。后来讲了一个时期学，还想离京，但都未走成。便去总统府见袁世凯，梁士诒接待，被骂走了，把接待室的器物都砸碎不少，结果闹到下午五时多，陆建章进来骗他总统公事忙，让您久等，很抱歉，现在可见总统，出来，上了马车，被骗到南下洼子陶然亭西北的龙泉寺，由一月中旬直到六月中旬，前后有半年之久。轶事颇多，现在旧事重提，仍是很有意义，亦可见其风骨，颇足为异代表率也。
被幽于龙泉寺的第二天，袁世凯派他的二皇子袁克文，亲自带了锦缎被褥，送到龙泉寺。太炎先生在房中听到外面有人声，而且在窗户缝中窥视，便撩起帘子一看，原来是袁抱存（克文字）送被褥。太炎先生想出妙法，跑到屋里，点燃一支香烟，把被褥一个、一个地烧了许多洞，扔在院中对袁克文说：拿走。这位“太子”碰了一鼻子灰，只好去了。
当时袁世凯的京师警察总监是吴炳湘。吴炳湘派了“暗探”冒充“门房、厨师、扫地听差”到龙泉寺监视太炎先生，先生遣随身仆人外出送信，被“门房”所阻，外面追踪而来探视的客人亦被阻于门外，不容会晤。先生便对这些所谓“门房”“听差”等厉声呵叱，并令其具结写“保状”，保证以后不再如此无理。但是这些喽罗都是“奉命”办事，挨骂之后，总是说“奉长官令”，弄得太炎先生没办法，给吴炳湘写了封长信，说他们是“卿等所为，无异于马贼绑票，而可借口命令乎？自作不法，干犯常人，而可言防卫者性气太甚乎？”因为太炎先生要把吴所派的密探赶跑，吴便派了四五十个警察来示威。太炎看其举止可恨又可笑，在信的结尾嘲之云：“昨者以斥退役人，卿遣巡警四五十人一时麇集，此不足以耀威，乃适形其暴乱耳……反不得不胡卢一笑也。”
太炎先生被“囚禁”时，身无长物，不名一文，一切生活费用，均受吴炳湘挟制，日夜思虑，生活大失常态，常常到夜间两点钟才睡，或者通夜无眠，有时睡到下午二时才起身，平素曾学过佛家坐禅，即静坐，在此亦不能实行了。但学问却有进步。《家书》曾云：“迩来万念俱灰，而学问转有进步，盖非得力于看书，乃得力于思想耳。”
袁世凯派人把章太炎囚在龙泉寺，手谕陆建章八点，即：一、饮食起居用款多少不计；二、说经讲学文字，不禁传抄，关于时局文字，不得外传，设法销毁；三、毁物骂人，听其自便，毁后再购，骂则听之；四、出入人等，严禁挑拨之徒；五、何人与其最善而不妨碍政府者，任其来往；六、早晚必派人巡视，恐出意外；七、求见者必持许可证；八、保护全权完全交陆建章负责。当时把袁世凯比作曹操，章太炎比作祢衡，据刘成禺《癸丙之间太炎先生记事》中说：太炎喜欢花生米下酒，特别喜欢湖北花豆夹油炒的，吃花生米必去其蒂，说杀了袁皇帝头了，哈哈大笑。袁世凯手谕条件，及章说“杀了袁皇帝的头了”等等轶事，都似乎也说明了袁世凯虽然想做皇帝，也做了八十三天洪宪梦，但对章太炎这些大知识分子，还懂得重视，并未下毒手。不然成百上千的章太炎还不是也要被杀头吗？
早在幽禁之初，章太炎就曾给袁世凯写信，表示“九死无悔”，坚决不和袁世凯妥协。到五月底写《家书》，表示要“以死争之”，便决意绝食。把一件在日本时亲自找日本裁缝缝的衣服当作纪念品寄给汤夫人以留纪念，说：“吾虽陨毙，魂魄当在斯衣也。”六月初，坚持绝食，半个月中，只吃了四顿饭。袁世凯给陆建章的手示要防止太炎先生“出意外”，在此绝食危险之际，才把太炎先生由龙泉寺移到东四本司胡同徐某的“铁如意轩医院”中，后来又租了钱粮胡同的房子。
龙泉寺十年前还在，旁边还有孤儿院，据说囚禁太炎先生于跨院中，有五间北房，十分整洁考究。本来这种大庙方丈的禅室或招待贵宾的房子是很考究的。可惜多少年前，未特地参观一下这些房子，现在自然早已没有了。