1922年6月15日晚上10点,时任中华民国非常大总统的孙中山如往常一样,在总统府所在地——观音山(今越秀山)山腰的越秀楼内批阅公文,忽然接到一通匿名来电,声称今夜粤军将有行动,务请总统离开总统府。当时孙中山不以为然,以为是谣言或敌对势力的故意威胁。随着各处奔走来告的消息越来越多,秘书林直勉、参军林树巍等,不得不强行将固执的孙中山带离总统府。16日凌晨3点,陈炯明的部下叶举突然带兵炮轰总统府,孙中山幸好在数小时前已安全撤离,移居永丰舰(后改名中山舰)。孙中山在永丰舰上指挥海军和叛军作战,前后历时50多天,最终因援军无继而从广州避居上海。
孙中山于1922年8月14日安全抵达上海,于次年2月15日离沪赴粤。避居上海期间,孙中山夫妇居住在莫利爱路(今香山路)。从广州退到上海后,孙中山一方面以“讨陈”为主要任务,组织东、西路讨贼军收复广州;一方面仍维持“反直三角同盟”以分化北方军阀,即联络皖系段祺瑞、奉系张作霖,三方合作反对直系曹锟、吴佩孚。